Kits de extracto de levadura

Los extractos de levadura, U-¹³C (ISO1 o L-ISO1) y sin etiquetar (ISO1-UNL y L-ISO1-UNL), están diseñados para la cuantificación de estandarización interna (es decir, adición de matriz). experimentos y para evaluaciones de control de calidad en metabolómica dirigida y no dirigida. Los compuestos de estos extractos abarcan amplias clases metabólicas (p. ej., aminoácidos y ácidos orgánicos, fosfatos de azúcar, coenzimas) que están vinculadas a diversas vías bioquímicas (p. ej., ciclo de citrato y glioxilato, metabolismo de aminoácidos y nucleótidos, pentosa fosfato) y celular/molecular. procesos (por ejemplo, sistema inmunológico, coagulación sanguínea, metabolismo del ADN). Estos metabolitos se han caracterizado rigurosamente mediante varias metodologías LC-/GC-MS y son susceptibles de una variedad de usos de investigación después de una simple reconstitución.

Contenido del kit

• Extracto(s) de levadura seco(s) en U-¹³C y/o sin etiquetar.

• Paquete de documentos (suministrado mediante código QR). El paquete incluye un manual de usuario, que contiene procedimientos de ejemplo y métodos LC-MS para referencias de los usuarios.

➤ Stable Isotope Standards for Mass Spectrometry
➤ Stable Isotope-Labeled Products for Metabolic Research 
➤ Stable Isotope-Labeled Mixtures, Sets, and Kits
➤ Mixtures, Sets, and Kits for MS ‘Omics and MS/MS Screening

Application Note
➤ Absolute Quantitation of Fragile Metabolites by Isotope Dilution Mass Spectrometry on the Agilent 6495 Triple Quadrupole LC/MS

Technical Note
➤ A Guide to Implementing Targeted and Standardized Clinical Metabolomics Using Stable Isotope-Labeled Standards and Triple Quadrupole Mass Spectrometry

Extractos de levadura lipídica y de metabolitos

Preguntas frecuentes

¿De qué parte del ciclo de vida proviene el extracto de levadura? La levadura (Pichia pastoris, cepa CBS 7435) se encuentra en fase de crecimiento exponencial. En esta fase, la célula utiliza la mayor parte del sustrato disponible para reproducirse. El tiempo de duplicación para la cepa de levadura empleada es de algo menos de 3 horas. El crecimiento exponencial se garantiza mediante la verificación de las mediciones de OD 600 durante la fermentación. La preparación del extracto se detalla en PMID: 23086617.  

¿A qué se refiere la “U” en U-¹³C (98%)? La "U" denota un compuesto uniformemente etiquetado. Por ejemplo, NADP⁺ con una fórmula C₂₁H₂₉N₇O₁₇P₃ tiene 21 C en su forma etiquetada con ¹³C.

¿Cuál es el procedimiento recomendado para disolver los extractos de levadura de metabolitos secos? El procedimiento recomendado para solubilizar ISO1 e ISO1-UNL es el siguiente:

1. Reconstituya el extracto en 2 ml de disolvente (p. ej., agua, 50 % metanol).
2. Agite vigorosamente con la mano con agitación intermitente a alta velocidad (durante un mínimo de 2 minutos).
3. Centrifugar a 20°C durante 5 min a 4000 rcf.
4. Luego, la solución estándar transparente se puede diluir (1/10 v/v) para uso directo o preparar más para calibración y adición de matriz.

En la sección de recursos anterior se muestra una demostración en video de este procedimiento.

¿En qué tipos de muestras se han medido estos extractos de levadura? Los extractos se han aplicado a tejidos humanos (p. ej., plasma) y células (p. ej., cáncer de colon) para control de calidad o análisis cuantitativo mediante una variedad de métodos LC y GC-MS. En el manual del usuario (suministrado con el kit mediante código QR) de ISO1, por ejemplo, se describen tres ejemplos de aplicaciones que utilizan el análisis de proporciones de isótopos para la cuantificación absoluta o relativa de metabolitos.

¿Cuáles son los analitos comúnmente identificados en los extractos de levadura? En sus respectivas secciones del manual se indica una lista tabulada de analitos o ácidos grasos/lípidos observados en mediciones rutinarias de lote a lote Mezclas, conjuntos y kits marcados con isótopos estables catalogar. Esta lista no es finita, ya que se han identificado otros analitos con protocolos alternativos (p. ej., coenzima As: acetilo, malonilo, propionilo; glucosa-1-fosfato; fructosa-1-fosfato). Pregunte si otros analitos son de interés e investigaremos.

Turtoi, E.; Jeudy, J.; Henry, S.; et al. 2023. Analysis of polar primary metabolites in biological samples using targeted metabolomics and LC-MS. STAR Protoc, 4(3), 102400-102422. PMID: 37590149
Serafimov, K.; Lämmerhofer, M. 2022. Metabolic profiling workflow for cell extracts by targeted hydrophilic interaction liquid chromatography-tandem mass spectrometry. J Chromatogr A, 1684, 463556-463555. PMID: 36265203
 Li, P.; Su, M.; Chatterjee, M.; et al. 2022. Targeted analysis of sugar phosphates from glycolysis pathway by phosphate methylation with liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry. Anal Chim Acta, 1221, 340099-34109. PMID: 35934345
Reiter, A.; Asgari, J.; Wiechert, W.; et al. 2022. Metabolic footprinting of microbial systems based on comprehensive in silico predictions of MS/MS relevant data. Metabolites, 12(3), 257-280. PMID: 35323700
Zhao, X.; Golic, F.T.; Harrison, B.R.; et al. 2022. The metabolome as a biomarker of aging in Drosophila melanogaster. Aging Cell, 21(2), e13548-13561. PMID: 35019203
Rampler, E.; Hermann, G.; Grabmann, G.; et al. 2021. Benchmarking non-targeted metabolomics using yeast-derived libraries. Metabolites, 11(3), 160-179. PMID: 33802096 
Castoldi, A.; Monteiro, L.B.; van Teijlingen Bakker, N.; et al. 2020. Triacylglycerol synthesis enhances macrophage inflammatory function. Nat Commun, 11(1), 4107. PMID: 32796836 
Mairinger, T.; Weiner, M.; Hann, S.; et al. 2020. Selective and accurate quantification of N-acetylglucosamine in biotechnological cell samples via GC-MS/MS and GC-TOFMS. Anal Chem, 92(7), 4875-4883. PMID: 32096989 
Rusz, M.; Rampler, E.; Keppler, B.K.; et al. 2019. Single spheroid metabolomics: optimizing sample preparation of three-dimensional multicellular tumor spheroids. Metabolites, 9(12). 304. PMID: 31847430 
Zhang, Y.; Vera, J.M.; Xie, D.; et al. 2019. Multiomic fermentation using chemically defined synthetic hydrolyzates revealed multiple effects of lignocellulose-derived inhibitors on cell physiology and xylose utilization in Zymomonas mobilis. Front Microbiol, 10, 2596. PMID: 31787963 
Galvez, L.; Rusz, M.; Schwaiger-Haber, M.; et al. 2019. Preclinical studies on metal based anticancer drugs as enabled by integrated metallomics and metabolomics. Metallomics, 11(10), 1716-1728. PMID: 31497817 
Si-Hung, L.; Troyer, C.; Causon, T.; et al. 2019. Sensitive quantitative analysis of phosphorylated primary metabolites using selective metal oxide enrichment and GC- and IC-MS/MS. Talanta, 205, 120147. PMID: 31450417 
van Tol, W.; van Scherpenzeel, M.; Alsady, M.; et al. 2019. Cytidine diphosphate-ribitol analysis for diagnostics and treatment monitoring of cytidine diphosphate-l-ribitol pyrophosphorylase A muscular dystrophy. Clin Chem, 65(10), 1295-1306.  PMID: 31375477 
Causon, T.J.; Si-Hung, L.; Newton, K.; et al. 2019. Fundamental study of ion trapping and multiplexing using drift tube-ion mobility time-of-flight mass spectrometry for non-targeted metabolomics. Anal Bioanal Chem, 411(24), 6265-6274. PMID: 31302708 
Sullivan, M.R; Danai, L.V.; Lewis, C.A.; et al. 2019. Quantification of microenvironmental metabolites in murine cancers reveals determinants of tumor nutrient availability. Elife, 8, e44235. PMID: 30990168 
Demarest, T.G.; Truong, G.T.D.; Lovett, J.; et al. 2019. Assessment of NAD⁺ metabolism in human cell cultures, erythrocytes, cerebrospinal fluid and primate skeletal muscle. Anal Biochem, 572, 1-8. PMID: 30822397 
Hermann, G.; Schwaiger, M.; Volejnik, P.; et al. 2018. ¹³C-labelled yeast as internal standard for LC-MS/MS and LC high resolution MS-based amino acid quantification in human plasma. J Pharm Biomed Anal, 155, 329-334. PMID: 29704823 
Guijas, C.; Montenegro-Burke, J.R.; Domingo-Almenara, X.; et al. 2018. METLIN: A technology platform for identifying knowns and unknowns. Anal Chem, 90(5), 3156-3164. PMID: 29381867 
Si-Hung, L.; Causon, T.J.; Hann, S. 2017. Comparison of fully wettable RPLC stationary phases for LC-MS-based cellular metabolomics. Electrophoresis, 38(18), 2287-2295. PMID: 28691762 
Schwaiger, M.; Rampler, E.; Hermann, G., et al. 2017. Anion-exchange chromatography coupled to high-resolution mass spectrometry: a powerful tool for merging targeted and non-targeted metabolomics. Anal Chem, 89(14), 7667-7674. PMID: 28581703 
Ortmayr, K.; Hann, S.; Koellensperger, G. 2015. Complementing reversed-phase selectivity with porous graphitized carbon to increase the metabolome coverage in an on-line two-dimensional LC-MS setup for metabolomics. Analyst, 140(10), 3465-3473. PMID: 25824707